合成生物学(工程生物学)是生命科学领域的一门新兴交叉科学,被认为是理解生命的新钥匙(造物致知)和未来的颠覆性技术之一(造物致用)。
为进一步加强国内外合成生物学领域的交流合作,提高我国在合成生物学领域的国际地位,推动国内生物产业蓬勃发展, 2023 年 4 月 27-28 日第四届工程生物创新大会、第二届中国合成生物学学术年会、首届亚洲合成生物创新大会将在深圳光明科学城启幕,为推动中国与亚洲合成生物科学与产业发展提供交流平台,为加速深圳合成生物产业发展集聚贡献力量。
以下是江南大学至善学院院长、教授刘立明在第四届工程生物创新大会上的精彩致辞,由云现场整理。
各位老师,感谢组委会给的机会,也感谢邀请汇报。我们实验室从2018年开始,主要从事生物基塑料单体的研究,我们从3个方面进行汇报:
研究背景关键科学问题:生物基的定义是通过生物质为原料和生物制造得到的聚合生物材料。按照生物基的活性症状的行业调研报告里面包括生物基的复合材料、生物基涂料、生物基纤维,今天我们讲生物基的聚合物。数据显示全球生产从当前242万吨到2026年会增长到759万吨的规模,生物可降解占到64%。
如果把生物基分成三类:非生物级可降解、可降解、不可降解,把所有生物基塑料的合成抽出来看,主要涉及到四个酸:戊酸、丁二酸、戊二酸、己二酸;三个醇:丁二醇、丙二醇、戊二醇
整个生物基材料的市场价格,这是我们最近查的2023年3月份的数据,成本都是比较高的。如何开发高效廉价的生物基材料,这成为碳中和的重要手段。我们国家201之年出台政策鼓励生物法生产生物基材料单体,生物基材料单体是用生物质为原料,通过微生物细胞或者酶的催化功能进行转化。
生物基材料单体国内很多团队都在做,丁二酸,除了我的团队在做国外也在做,以及乙二酸,这是相关的数据。现在整体而言生产成本是高比较高的。
在生物基微生物发展生物基材料面临三个的问题:
1、如何利用廉价的底物;
2、提高材料单体的合成效率;
3、优化细胞活性。
我们的酸、醇、氨对细胞是有毒性的。廉价底物设计方面主要是设计底物利用途径、强化底物利用能力、优化底物转化过程等。在设计底物途径里面主要涉及5个方面:本源路径挖掘、设计人工路径、构建混杂路径、建立正交路径、耦合路径。
强化底物利用能力方面主要涉及到利用生物跟化学相结合,对底物进行解聚,以及扩展底物。
优化底物转化过程方面,二氧化碳现在是最热门的研究领域,包括二氧化碳以及糖的转化,以及促进转运功能的提升。
举个例子,转化环乙烷合成乙二酸,在假单胞菌中,人工设计六酶的环乙烷。单体合成效率提高方面,我们主要是强化路径关键酶的性能,优化合成路径的效力,以及调节细胞代谢网络,三个纬度对提高细胞工厂的合成效率。
关键酶有几个,第一个通常说的是在自然界中不断寻找最优的酶;第二已有的酶进行改造,热稳定性、PH稳定性进行改造;第三个酶的固定化,以及对酶的循环利用,能够使得它双准双酶,实现高效转化。这些都是通用的强化酶的策略。
我们通常代谢工程所有专家都在做的表达水平的优化,代谢分工设计、降低路径能耗、缩短空间距离、强化前体供给、动态路径强化。
调节细胞网络里面,靶点鉴定、细胞生长领域、代谢驱动设计、转录因子工程、氧化还原平衡、降低代谢溢散。
增加拷贝数,通过六个基因进行拷贝素的优化,把戊二酸提成效率提升到73克每升。
在所有优化提升里面,最核心的是渗透、胁迫,主要讲酸碱、渗透、代谢物胁迫。酸碱胁迫里面一个方面是防止二氧化碳溢出对PH的稳定,以及细胞膜是隔开细胞的内环境与外环境的屏障,对细胞膜皮要厚,强化膜的流动性和通透性。酸来说是强调质子的转运,增强抗酸基因。
在渗透胁迫里面通过我们自己的实验室,以及ME文章来看,所有的耐受都涉及到渗透胁迫,渗透胁迫成为过程中间很重要的一个机制,这里面主要是表达外排、转间蛋白、转录因子、增加保护剂、筛选突然毒株,引入耐受通路。
对于酸、碱、产物的耐受性,通常做的就是适应性进化,通过高通量筛选技术、细胞诱变技术。右边技术是最有效的,但是研究生不太爱做的技术。原位产物分离,就是把细胞从产品里面分离出去。
利用HypB、HypC,提高毒株在D-乳酸胁迫下的生存能力。
全局转录因子IrrE,提高大肠杆菌渗透保护剂的合成和渗透耐受性。
讲讲我们江南大学课题组的做的工作。设计重组酶控制开关,调控电子传递链和琥珀酸的还原力流向。160小时做到150克每升的数据,这是丁二酸。戊二酸设计了一个新酶,120千焦每摩尔。己二酸做了很多年,搞不定。
对产业最重要的是这张表:
在戊二酸、己二酸还在大肠杆菌里面开发,还没有走通。乙酸丁二醇逐渐拉通,乙酸丙二醇花了3年的时间,发酵40小时产量130克,糖醇转化率可以达到0.428/g。
我的汇报到这里,敬请批评指正。