2023年《麻省理工科技评论》“35岁以下科技创新35人”中国区发布将来到上海。本次论坛我们聚焦「Infinitas 未来无限」,我们将搭建一个展现“青年人”智慧与潜力的舞台,聚集全球创新人才和资源,让更多人见证他们不懈的探索和追求,让一点火苗点燃他们无穷的创造力。让上海与我们共同见证这片广阔无垠的舞台上,追梦者们绽放出耀眼的光芒。
以下是华东理工大学长江学者特聘教授、上海生物制造产业技术协同创新中心主任、百福安生物创始人许建和在2024中国科技青年论坛精彩讲话,由云现场整理。
各位老师、各位同学、各位TR35青年才俊,大家下午好!首先再次祝贺各位青年才俊获得这么高的荣誉,我感受到了大家的荣耀,同时也感谢组委会给我这个机会,跟大家分享一下我承担国家合成生物学重点专项的一点感悟。我今天汇报的题目是《设计生化新反应,合成高值新分子》。
刚才前面几位大咖老师都介绍了AI的威力,我们希望AI和生物结合起来,因为生物里蕴含了大量数据,虽然我不是搞人工智能的,但是我们希望跟AI合作,把AI在生物领域的应用也发展起来。
合成生物也在这样的时代背景下孕育产生,因为它是颠覆性技术,所以也受到了国家领导人的重视。人工设计的生物系统相对于传统的天然生物系统,有很多突出优点,它可以突破传统的化工化学制造的局限,高效合成各种绿色的产品,因此它可以服务于我们国家的国民健康、物质制造、生态安全等等一系列重大的国家需求,这是它受到重视的原因之一。
对于新分子,一些世界上还不存在的全新的生物分子,它的生化反应设计也存在重大挑战。例如抗癌明星分子紫杉醇,它是从红豆杉中提取的分子,可以治各种各样的癌症。治疗一个病人需要看法3颗70年树龄的红豆杉,红豆杉的树皮都被剥光了。后来发明了化学合成,由于步骤很长、寿命很低,所以使用不现实。微生物合成早在2010年,MIT科学家已经把葡萄糖到紫杉二烯的中间体突破成功,并且达到1g/L的产量,但是紫杉二烯到紫杉醇,中间还有18步反应要走,其中包括8步PC50催化的氧化反应,这个氧化反应到目前为止只有3步反应搞清楚了,还有5步反应仍然不清楚。
为了克服上述的瓶颈问题,我们从基础的关键科学问题入手,包括新分子生化反应的热力学、动力学机制、控制机理,以及人工新酶元件的构效关系及相互适配机制、微反应器的尺度效应等角度出发,来促进我们新分子的生成。必须突破关键技术瓶颈,才能达到科学设计、精准创建、智能组装、高效制造的理想目标。
我们是国家重点研发项目,我们设置了三个科学问题和四个技术问题,一共是四个课题,这四个课题分别是道法自然设计新分子,第二个是格物致知创建新元件,第三个是建物致用组装新途径,第四个是道器合一建立新工艺。分别由华东理工、浙江大学、湖北大学、南京工业大学来承担,我们最终的目的就是要实现化学难合成、生物难转化的新分子生物制造。
这是简单的技术路线图,从中间可以看出来,有点类似集成电路,首先要建立两个元件库,一个是新砌块分子库,第二个是人工酶元件库,两个库合起来形成新的生化反应。这些生化反应可以组成各种各样的合成线路,我们叫途径,利用这样的途径优化放大之后就可以建立规模化应用,制备新分子的新工艺。合成生物学也经常用集成电路的俗语,元件、器件、线路等。
下面结合我们项目的进展,特别是我们去年一年的工作,来简单跟大家展示一下我们做什么内容。第一个是新酶元件的设计和创制,所有的生物反应、所有的生物合成都是用酶来催化的,相当于化学催化剂,有了催化剂就可以催化各种各样的反应。但是要做非天然反应就需要非天然的酶,非天然的反应就需要非天然的底物,这些底物需要设计、优化、挖掘,这也会用到生物信息学的原理。
举个例子,我们通过碳碳连接酶叫萜烯合酶,它催化两个链端的分子。我们通过TS1、TS2、TS4基因,把功能放在大肠杆菌里,经过我们的测试可以生成两个新的分子,我们把它通过化学方法鉴定之后,就知道这个酶是不是有新的功能。我们首先建立了这样的平台,解决萜烯合酶的底物,它的外源基因在大肠杆菌能不能表达,化学合成太麻烦了,太贵、太难,我们自己生成底物,再用底物测定它的活性。
有了这样的平台,我们来做一些其他的基因,(如图)来自琉球曲霉的基因组,我们发现二萜合酶在里面出去渐进的状态,没有人去研究它,我们把它插到大肠杆菌里,产生了二铁分子,二碳原子组成了四圆环,碳原子素分别是5545,我们鉴定以后发现是新的化合物,酶也是新的功能。从这个例子可以看到,有很多沉默DNA,这是巨大的资源。现在人类做的太慢了,五年才做了一个异构酶和几个化合物,希望未来和AI结合起来。
基于底物同位素标记及DFT量化计算,我们这个酶是原始的T2酶,经过模拟自然界的进化,把它突变成突变体,作为新的催化剂,除了第一个员环之外,还有另外三个骨架,这四个新的骨架,下面对应产生了八种全新的化合物,这些化合物可能有新的功能,我们跟上海药物所合作,请他们帮我们检测有没有新的升级功能。
第二个例子是甾体化合物,甾体作为激素的原料,它也是非常重要的,而且这里面有四个环,非常复杂的分子,这些分子里的酶要催化这样的分子也是非常有挑战性的,我们选择了一个羟化酶,把它改造之后变成15位的羟基,从左边的1a分子到1b分子,通过人为改造酶达到的效果,通过计算和模拟来合理的解释这样的实验结果。
第三,我们把碳氮连接酶,我们叫亚胺还原酶,能否催化体积比较大的分子,这是我们的挑战。我们挖掘了一系列的酶,找了一个好的原子酶,活力很低,0.017毫克,我们经过改造,把它的活力提高了488倍,热稳定性从41度提高到了51度。
合成生物搞元件,有了元件就可以组装新的线路,合成新的化合物,比如把酶用来合成紫杉二烯。这是紫杉二烯合成生物学的中间体,我们也进行了优化,通过一系列的代谢工程方法,我们把产量分别提高了2倍和2.3倍。通过多模块化代谢技术,中间体浓度得到大幅度提升,达到了文献的最高值,也推动了紫杉醇合成的进步,虽然还没有达到产业化。
尼龙单体己二胺的生物合成,从石油原料做到己二胺线性分子,可以合成尼龙。这是一些例子,浓度怎么提高,尽量降低成本,提高效率。
酶在实验室小试的产量怎么能降低成本,昨天钱校长讲了怎么做生化反应,我们这就是一个例子,把环己醇,各种聚酯化合物,包括衣服的材料,怎么在微反应器里做。两个原料通过一个泵打到线圈,其实就是一个塑料管绕成的反应器里,连续化流动,虽然体积很小,但可以有无数个像光纤一样的反应器平行的做,这样产量也可以提高,最后把反应效果提高了25倍,这也是化学工程的一个很强大的新技术。
最后简单总结一下,我们这个项目经过五年的努力,今年年底结题,量是超额完成了,质量也超过了原来立项时的预期值。除了发表论文之外,我们也有好的专利,我们培养了五个国家级优秀的中青年人才,不包括TR35,我们还要努力,还有一大批研究生。这是去年发表的一些代表性论文,还有中国发明专利。
最后谈一点感悟,除了可以量化的KPI指标,过去是传统的酶工程,现在做合成生物学,合成生物学离不开自然的启发,道法自然、道器合一,我们要实现大规模人类生产和应用的话,离不开道器合一,实验室技术一定要和工程技术合一,才能实现真正的应用。虽然我们项目的时间和经费都有限,但是成果可以为国家高层次人才培养、新质生产力的创造提供一点动力,为未来的生物制造产业高质量发展提供源泉。
最后,借此机会感谢TR35组委会团队,也感谢国家重点研发计划提供的支持,还要感谢参与这个项目的六个单位,他们给了我很大支持,使我有机会在这里演讲。最后,感谢各位老师和同学,谢谢大家!